取引先との資金のやりとりや、従業員（経営者本人も含む）への給与支払いなど、法人口座ではほぼ毎月、振り込みをする機会があります。
個人口座であれば、同一支店や同一行あての振込手数料は無料になることもめずらしくありませんが、法人口座の場合は同一支店あてでも手数料が発生するケースがあります。
特に他行あての振込手数料は高く、メガバンクで平均770円（税込）、地銀や信金で平均550～660円（税込）程度。
ネット銀行では、これらの振込手数料も低く抑えられており、同一行あては無料、他行への振り込みでも100円台から200円台とリーズナブルです。
たとえば、毎月10件程度の他行への振り込みがある場合、振込手数料が1回770円かかる銀行であれば年間9万2,400円の手数料が発生するところを、ネット銀行では3万1,320円（GMOあおぞらネット銀行の場合）と約3分の1まで抑えることが可能。
他行へ振り込みが多い場合は、ネット銀行の法人口座を利用したほうが手数料コストを大幅に節約することができます。

メガバンクや地方銀行・信用金庫にない独自の特典が用意されているのもネット銀行の法人口座の特徴です。
GMOあおぞらネット銀行や楽天銀行では、法人口座に紐付いたデビッドカードを利用することで毎月の利用額の1.0％をキャッシュバック。
デビッドカードは利用額を口座から直接引き落とすため、出金履歴が把握しやすく、法人口座の資金管理にも役立ちます。
その他、GMOあおぞらネット銀行では、取引実績に応じてポイント（GMOポイントもしくはPontaポイント）が貯まるサービスや、月額500円（税込）を支払うことで3万円以上の振り込みが一律135円（税込）になる「振込料金とくとく会員」制度などを提供しており、法人向け特典が充実したネット銀行のひとつとなっています。

ネット銀行の法人口座で注意したいことのひとつが融資機能です。1,000万円以上の大口融資にも対応しているメガバンクや、地域密着型で融資相談に親身に対応してもらえる地方銀行・信用金庫とは異なり、ネット銀行では融資を行っていないところや、オンラインでの小口融資（500万円前後）がメイン、あるいは融資の代わりにファクタリング（売掛債権の買取）を実施しているところも少なくありません。
高額の融資を受けたい場合や、対面でしっかりと相談をしてから融資を受けたい場合は向いていないと言えるでしょう。

ただし、「少額の融資をオンラインですばやく受けたい」「売掛金を借入金で処理したくない（バランスシートを汚したくない）」という場合は、これらの資金調達サービスのほうが有用となる面も多くあります。
各銀行のサービス内容、金利・手数料などを比較し、ご自身の会社に合った資金調達サービスを選択すると良いでしょう。

海外の企業と取引がある場合、それぞれの銀行を介して資金をやりとりするためには「SWIFTコード」と呼ばれる金融機関の識別コードが必要になります。
ただし、SWIFTコードは国内のすべての銀行に割り振られているわけではなく、一部のネット銀行や地方銀行にはないことも。
国内の銀行であれば、銀行名・支店・口座番号によって資金をやり取りできますが、海外の銀行と資金の受け渡しが発生する場合は、法人口座を開設する銀行のSWIFTコードの有無を必ずチェックしておきましょう。